マガジン漫画の映画は原作者の協力（総指揮）もあったそうです。
http://cinema.pia.co.jp/news/158158/47678/
しかし、監督自身も特に拘った部分はラストシーンや重い決断の部分だそうです。

ここで思ったのですが、実はこの監督は”明るい部分”にそれほど思い入れがないのかな、と思いました。

そう思った理由は、この映画で本人が特に拘った部分とか、インタビューでの発言の雰囲気とか、本人の過去の映画への態度で何となくそう思いました。どちらかというと真面目な所に拘る事が多いと思いました。（まあ長編ものは単発・ギャグとは違いますからね）
上述のURLに載ってるインタビューでも主に真面目をメインにして語っています。

過去の映画でも「おまえうまそうだな」等がありますがこちらも下スタッフの堀剛史さんのツイッターの発言を見る限り、バトルシーンでそれなりの指示があったそうです。この下のアニメーターに指示を出すのは大抵監督の役目だと思いますから。

堀剛史（おまえうまそうだなの下スタッフ）さんの発言
https://twitter.com/porigoshi/status/27646028466

しかし、「おまえうまそうだな」は原作者から「絵本とは違うものにしてください」という意向や子供向けというジャンルの制約があったので、例え真面目にやりたいという気持ちがあってもある程度の手加減をせざるを得なかったタイプの１つだと思います。子供向け作品は他のジャンルと比べて規制がうるさく、漫画やアニメでは更に子供っぽくなると思います。昔とは規制レベルも変わっています。実際、マガジン作品の映画の演出を見ると「過去の子供向け作品ではかなり抑えてたのでは」と思わされるような描写もあります。この監督本人が監督をやった過去の子供向け映画では絶対に出来なさそうな演出もありました。

マガジン漫画の映画での拘り発言で拾った物です。

――作中、監督が特にこだわって描かれたシーンはどんなところでしょうか？

監督：そもそも今回の劇場版企画のスタートは、原作の真島先生が描かれたナツとルーシィの絵だったんです。ですから絵コンテも、ラストシーンにこの絵がくるように積み重ねていきました。僕はこの絵の、“泣いてるルーシィを受け止めるナツ”を表現する為に、ストーリーの冒頭から一貫して“ルーシィを気にするナツ”“ルーシィを見守るナツ”という表現を入れています。

物語の最後で、ナツはルーシィの為に、あえて、ルーシィの願いを聞かないという選択をします。その結果、ナツも自身も重い荷物を背負うことになりますけど、それが分かった上で、ルーシィを守る為にそういう選択をする。それはナツに、仲間意識や友情よりも少し踏み込んだルーシィへの気持ちがあるからなんじゃないかと思ったんですね。

ナツがルーシィに対して感じている気持ちというのは、原作でまだはっきりと描かれていない部分だったりもするんですが、今回の劇場版では、そのあたりに少し突っ込んでもいいというお話を真島先生からもいただいてましたので、ナツの視線や動きなどを通して、友情の少し先にあるルーシィへの想いを表現しているつもりです。


――真島先生は劇場版で“ルーシィの成長”を意識されたとおっしゃっていましたが、ルーシィを支えるナツも、やっぱり成長していくわけですね。

監督：そう思います。ルーシィが成長すれば、やはりナツも一緒に成長していくんじゃないかなと。“ナツのルーシィへの気持ち”の部分には、観客の皆さんにも注目していただけると嬉しいですね。序盤のバカやっているようなシーンでも、やっぱりナツはルーシィの事を気にしていますし、何かあった時はルーシィのところに真っ先に駆けつけていますから。

詳しい情報書き込んでくださりありがとうございます。

うーん、私は「おまえうまそうだな」を見て、子供むけに手加減されたという風には感じなかったですし、そもそも子供が読んで作り手側が伝えたかったテーマが理解できるのかどうか、ということは疑問に思います。
作り手側が「伝わってるはず」と思っても、伝わってなかったらそれは失敗ということになりますからね。

子供だからこれくらいでいいだろう、じゃなくて、本当に子供に理解してほしいと思うなら、難解に思えても理解はできると思うので、そのあたりは手加減した、とかあんまし言ってほしくなかったですね。