お久しぶりです。
1週間ほど前にここの掲示板に鹿の英雄の意見を書き込ませて
頂きました。本編とSTGパートもクリア出来ました。
　前に書き込んだ時には調整案に行数を割きすぎて実装案を簡潔に
してしまいましたので、実装案の一つの「グレートクリアの条件」
について詳しく書き込みをしようと思います。
(※:この書き込みには一部マニアック且つメタな言葉が含まれています。)

★グレートクリアの条件案
☆○○:○○:○○以内にゴール
・条件案の中ではこれが一番シンプルな条件と思われます。
スキルツリーが指定しないステージのグレートクリア条件にするかスキルツリーが指定する時間より「は」ゆるい時間を設定するか、若しくは両方を適宜採用するかの三択になりますが、どれを選んでもプレイヤーは「どの敵を倒してどの敵をスルーするか」に頭を悩ませる事になるでしょう。
☆マナウェポンを使わずにクリア
・マナウェポンをステージ中で使った回数を記録する変数を用意して「マナウェポンを使うと変数の値に１を足す」「変数の値はセーブ時と同じタイミングで0に戻す(グレートクリア判定後セーブする形になるかもしれません)」というシステムを組むことで、上記の条件を実装する事も可能となります。
しかし変数の値に１を足すタイミングをどうするかを考える必要がある点やマナウェポンを使わないプレイングを強制させる事になるという点から、あまり良い条件とは言えないかもしれません。

☆(クリア条件がゴールをするのステージで)隠しモンスターを倒す
・ステージ「ゴールを目指せ」の応用と言える条件です。
ゴールへのルートとは別のルートを作るかゴールの先に道を作るかした上で別の部屋(?)を作り、隠しモンスターを用意するという形で実装します。
隠しモンスターは「ステージに訪れた時は倒せず、後でスキルやマナウェポンを手に入れれば倒せる」ぐらいの調整にするのが適切でしょう。

…他にも良い条件が考えつくかもしれませんが、
一先ずはこの3つをグレートクリアの条件案として書き込ませていただきます。
勿論これらも「実装しろ」というものではありませんので、
採用するかしないかはにょろさん側の判断にお任せします。